SAJ была создана в 1947 году как организация судостроительных и судоремонтных компаний Японии без образования юридического лица. Со временем организация выросла в связи с тем, что японское судостроение стало использовать улучшенное оборудование для строительства крупных океанских судов. В 1951 году она приобрела юридический статус при Министерстве транспорта.