IPB начинал свое существование как Восточногерманский институт биохимии растений и являлся членом Академии наук Германской Демократической Республики. В 1992 году IPB был переоборудован, его здания были модернизированы, было построено много новых объектов. IPB является членом ассоциации Лейбница объединяющей 86 независимых исследовательских институтов.