Главы государств общались в формате один на один, затем к президентам России и Индонезии присоединились делегации двух стран. В ходе переговоров приоритетное внимание уделено вопросам увеличения объемов и диверсификации торгово-экономического сотрудничества. В рамках определения других перспективных направлений обсуждались вопросы развития взаимодействия в области энергетики и обеспечения энергобезопасности, нефтегазового сектора, мирного использования космического пространства и космических технологий, гражданской авиации, промышленности, предотвращения и ликвидации последствий природных и техногенных катастроф, военного и военно-технического сотрудничества, туризма. Также затрагивались вопросы дальнейшего расширения договорно-правовой базы российско-индонезийских отношений. В частности, речь шла об активизации работы над проектами соглашения о поощрении и взаимной защите капиталовложений, меморандума о взаимопонимании о техническом сотрудничестве в нефтегазовой сфере, меморандума о взаимопонимании о сотрудничестве в области рыбного хозяйства, соглашения о воздушном сообщении. По итогам переговоров президенты России и Индонезии приняли совместное заявление. В присутствии Владимира Путина и Сусило Банбанга Юдойоно подписаны следующие документы: межправительственное соглашение о сотрудничестве в области использования атомной энергии; межправительственное соглашение о сотрудничестве в области исследования и использования космического пространства в мирных целях; межправительственное соглашение о взаимной охране прав на результаты интеллектуальной деятельности, используемые и полученные в ходе двустороннего военно-технического сотрудничества; межправительственный меморандум о взаимопонимании по содействию в реализации программы российско-индонезийского военно-технического сотрудничества на 2006–2010 годы; межправительственное соглашение об отказе от визовых формальностей при осуществлении краткосрочных поездок для владельцев дипломатических и служебных паспортов; меморандум о взаимопонимании между Федеральным агентством по туризму России и Министерством культуры и туризма Индонезии по вопросам сотрудничества в сфере туризма; меморандум о взаимопонимании по вопросам сотрудничества между Генеральной прокуратурой России и Генеральной прокуратурой Индонезии. В рамках визита также подписаны: соглашение между торговыми палатами России и Индонезии о сотрудничестве в области обмена деловой информацией; меморандум о взаимопонимании между Дипломатической академией Министерства иностранных дел России и Центром по подготовке и переподготовке дипломатических кадров Министерства иностранных дел Индонезии; протокол о сотрудничестве между правительством Джакарты и правительством Москвы.