EK был основан в 2012 году на базе двух независимых институтов: изотопов (IKI) и института исследований атомной энергии (AEKI).  Центр является частью исследовательской сети Академии наук Венгрии. Целью ЕК является осуществление исследований в области атомной энергии и развития технологий безопасного использования атомной энергии. Центр участвует в международных проектах по созданию атомных электростанций нового поколения и др.