EMSA является одним из децентрализованных агентств Евросоюза. Оно оказывает техническую помощь и поддержку Еврокомиссии и членам Евросоюза в развитии и введении законодательства в области морской охраны, безопасности и загрязнения моря судами. EMSA также осуществляет оперативные задачи по очистке моря от разливов нефти, определению местонахождения и идентификации  судов, а также отслеживания их маршрутов.